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历史上，鲫鱼到金鱼经历了野生--放生--半家化--家化--人工选种--人工杂交等一系列复杂而精密的发展过程。生活环境也发生了由野外--池塘--盆缸的巨变。随着生活环境、喂养方式等变化，野生鲫鱼已经与当代金鱼外型上没有什么关联了，这是人工干预的结果。然而，这变化之大、历时之短让人瞠目结舌，至今仍有相当一部分人不敢相信二者之间的祖系关系。
经现代生物学研究发现：金鱼和鲫鱼的血清沉淀反应、染色体组型一致；金鱼和鲫鱼可以进行杂交，并且其后代都具有正常的繁殖能力；金鱼和鲫鱼胚胎发育的形态和速度相同；金鱼区别于鲫鱼的体态、颜色等特征是在孵化两三个月后才出现的；金鱼和鲫鱼各器官结构基本相同。以上科学实验证明二者之间密切的亲缘关系，鲫鱼就是金鱼的始祖。
野生鲫鱼体色有偶然变异为金黄色的现象，这是个体基因突变所导致。自然状态下，鱼类通常以鳞片色彩变异来适应环境的改变。例如：生活在稻田里的鲤鱼体表常常由青灰色变异成橙黄色；生活在透明鱼缸内的观赏鱼体表颜色往往趋于清淡。这些变异为红色的野生鲫鱼分布极广，不但被发现于全国多个省域，而且生存地点也是包含江、河、湖、塘、溪等几乎所有淡水水域。
“金鱼”一词最早出现于中国，南北朝时期文学家任昉在《述异记》下卷中收录了一个金鱼神的故事：“关中有金鱼神，云周平二年，十旬不雨，遣祭天神，金鱼跃出而雨降”。当然这只是一个传说，之后的千年时间内“金鱼”一词并未被广泛采用。直到明末清初，这一悦耳的称谓才在世界范围内流传开来。
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