盆养使得金鲫的活动空间变得狭小，于是身形逐渐变短，游动速度也变慢，尾鳍变为多尾以便保持平衡；容器中没有天然饵料，必须人工投喂，这就导致金鲫逐渐失去觅食能力，头吻变得短钝；盆养还改变了人对鱼可远观不可近玩的状况，拉近了人和鱼的距离，便于养鱼技人观察研究。这些改变引发了金鲫形体、器官的急剧变异。例如：纺锤形的身形演变为蛋圆形；眼睛凸起；背鳍退化或消失；尾鳍出现多尾现象；花色变得颜彩纷呈。这时的金鲫与祖先发生了巨大差异，已经不能再称为“鲫”了。于是，出现了 “玳瑁鱼”、“火鱼”、“五色鱼”、“斑鱼”、“文鱼”、“朱砂鱼”等多个称谓。这一混乱现象到了明崇祯皇帝时期才被统称为“金鱼”，并逐渐被大众接纳，沿用至今。

  始于明末的金鱼赛事随着官府的推动，鉴赏活动日益频繁，人们对金鱼的鉴赏水平逐渐提高，审美意识趋于理性发展。《朱鱼谱》中就记载了当时金鱼鉴赏的56款和鉴赏入格18条。在民间，鱼把式从夏季就开始选购大量金鱼，培养、筛选出精品用以参加比赛。这一时期，红、白色金鱼最受追捧，色质是否纯正成为衡量金鱼品质的一个重要标准。为了便于比较颜色，鱼把式用磁州白盏做容器衬托金鱼的色质和色泽，这一发明被延续至今。鱼把式对金鱼色彩的追求也日趋艺术化，并以具有深厚文化内涵的文字命名：天地分、巧云、金管、银管、落花满地、玉带、七星、八卦、菊花、梅花、鹤顶红、十二红、十二白、堆金砌玉、隔断红尘、莲台八瓣等等。