杭州出现一种鲜红色的“火鱼”，有通身红色的、有半身红色的、有红白相间的、有背上出现红色八卦图形的、有红头白尾的，颜色各不相同。这引起了杭州、苏州等地百姓的关注，养鱼热情高涨“人无有不好，家无有不蓄。竟色射利，交相争尚，多者十余缸，至壬子（1552年）极矣”（《七修类槀》）。当时人们偏好饲养赤红色金鲫，并且竞相攀比谁的颜色更鲜艳。这是因为中华民族崇尚红色，是吉祥、喜庆的象征，代表了对幸福的向往和追求。明代李时珍在《本草纲目》中也记载了这一盛况：“独金鲫耐久，前古罕之……自宋始有畜者，今则处处人家养玩矣。”

  明代后期赏玩金鲫更为普及，上至达官显宦下至寻常百姓无不豢养。此时，民间以饲养金鲫为生的技人大量涌现，金鲫交易集市也逐渐有了固定场所，并建立了专门养殖金鲫的鱼场。《帝京景物略》中记述了这个时期北京金鲫鱼场的情形：“金，故有鱼藻地。旧志云，池上有殿，榜以瑶池。殿之基，今不可寻，池泓然也。居人界而塘之，柳垂覆之。岁种金鱼以为业。”由此可见，金鱼行当已基本成形。

  这时期，金鲫普遍采用盆养。皇宫用玉盆，民间有钱人用石盆、瓷盆，普通人用木盆（木海）或陶土烧制的泥瓦盆。明神宗朱翊钧案头就放置玉质鱼盆以便随时赏玩，这一情景收录于《榖山笔尘》中：“东一室，乃上所游息。一日，同二三讲臣入视，见窗下一几，几上设少许书籍，又一二玉盆，盆中养小鱼寸许，上所玩弄也”。

   盆养使得金鲫的活动空间变得狭小，于是身形逐渐变短，游动速度也变慢，尾鳍变为多尾以便保持平衡；容器中没有天然饵料，必须人工投喂，这就导致金鲫逐渐失去觅食能力，头吻变得短钝；盆养还改变了人对鱼可远观不可近玩的状况，拉近了人和鱼的距离，便于养鱼技人观察研究。这些改变引发了金鲫形体、器官的急剧变异。例如：纺锤形的身形演变为蛋圆形；眼睛凸起；背鳍退化或消失；尾鳍出现多尾现象；花色变得颜彩纷呈。

  这时的金鲫与祖先发生了巨大差异，已经不能再称之为“鲫”了。于是，出现了 “玳瑁鱼”、“火鱼”、“五色鱼”、“斑鱼”、“文鱼”、“朱砂鱼”等多个称谓。这一混乱现象到了明崇祯皇帝时期才被统称为“金鱼”，并逐渐被大众接纳，沿用至今。