众所周知物理过滤中的滤棉（魔袋、毯）时间久了会存积大量的粪便、饵料，严重影响水质甚至造成堵塞溢水情况发生，所以滤棉需要定时清洗以缓解生化过滤的负担避免溢水；生化滤材由于硝化细菌的正常新陈代谢及死亡会在滤材表面形成一层膜，阻塞滤材内部空隙影响硝化细菌着床面积导致水质变化甚至跌酸，故生化滤材同样需要定时清洗。

 物理滤材：勤洗少洗，一般建议每周清洗一至两次，每次清洗三分之一左右。

 生化滤材：半年分期分批清洗（每周清洗三分之一左右），每年分期分批消毒（大盐浸泡、沸水煮）、清洗。